El río Magdalena fue descubierto por Rodrigo de Bastidas en 1501 y los nativos que transitaban por él lo denominaron Yuma, que significa río amigo.
En sus orillas los aborígenes realizaban interminables ferias que tenían como epicentro el puerto de Tora, en su atracadero había permanentemente Piraguas, cerca fluía el río Opón, en donde se encontraban dos enramadas que servían como los terminales para los cargueros chibchas.
Por el Yuma, por los caminos de la sal y las mantas que encaramaban las altas montañas muiscas, subieron los conquistadores españoles y el río creció como nunca, dando inicio a una nueva época comenzó. Tora se transformaba en Barrancabermeja, el Yuma en el Magdalena y detrás de los altos se funda Bogotá.
Encandilados por el espejismo del Dorado, un tropel de gentes sube sin descanso; los españoles se mudan al Nuevo Reino de Granada y viene un gran trasteo de mercancías y animales; al tiempo que se comienzan a fundar caseríos en las laderas del Magdalena.
De igual forma, la necesidad de llevar el oro a España hizo que todo fuera confluyendo hacia el río Cauca y el Magdalena. De allí la importancia que cobró Mompox como centro de almacenamiento y de despacho del oro de Occidente hacia Cartagena.
Cartagena por su parte fue convertida por los españoles en la puerta llave de Sudamérica, porque dentro de su lógica imperialista era necesario tener un control absoluto de lo que entraba y salía del reino. Por esta razón había que comunicar a Cartagena con el río Magdalena y para hacerlo sólo se disponía de mulas y arrieros.
En el siglo XVI, uno de los dueños de las barrancas que servían de almacén y de posada en el trayecto, descubrió una ciénaga que unía a Cartagena con el río. En 1649 un Gobernador español decide dragarla y canalizarla, lo cual hizo con ingenieros españoles y dos mil obreros en seis meses. Éste sería el canal del Dique, que sufrió privatizaciones, combates con los arrieros y sequías, por lo cual se convertiría durante la Colonia en un sistema mixto.
Bolívar lo rescató del olvido en 1823, pero fue Rafael Núñez, por medio de un contrato con una firma americana, quien le dio unos años de vida y esplendor durante el siglo XIX. En el siglo XX se cambió el canal del Dique por un ferrocarril, y solamente después de 1932 vuelve a utilizarse en forma importante.
Viajar por el río Magdalena era una hazañosa aventura para los audaces comerciantes que se atrevían a hacerlo, se necesitaba entereza para permanecer dos meses desde Honda, metidos en un champán, al arbitrio de los bogas y acechados por tigres y caimanes.
Posteriormente se impulsó la navegación a vapor, se introdujeron aproximadamente 150 embarcaciones de este tipo al país, de los cuales navegaron 69, destacándose el Atlántico, Sincerín, Naviera I, Turbay, Cisneros, Catatumbo y el David Arango, entre otros.
El transporte fluvial mecánico se desarrolló ampliamente, a pesar de algunas dificultades que se presentaban en la navegación, la cual era subsidiada por el Estado. Las contingencias del río resultaban casi insalvables por la falta de experiencia en el manejo de los barcos y las pocas facilidades para su mantenimiento y arreglo. Numerosos barcos naufragaron por choques contra peñones, o por la ruptura de sus cascos de hierro, explosiones, colisiones e incendios.
De 1850 a 1950 se introdujeron en la navegación grandes planchones, impuestos por el crecimiento del comercio exterior. Los barcos estaban clasificados en expresos, de carga, cabotaje y ganaderos. Los años 40 fue la época espléndida del río, donde más de 100 barcos transcurrían por sus aguas.